Quando i Crociati conquistarono Costantinopoli, nel 1204, l’isola di Corfù fu governata dal pirata Vetrano Cafouri da Genova.
Nel 1206, la flotta veneziana, guidata dal figlio di Cafouri , Dadolo, conquisto’ Corfù e uccise il pirata e i suoi uomini.
Il dominio Veneto si concluse nel 1214, quando Corfù fu inclusa nel dominio dell’Epiro, uno dei tre Stati indipendenti in Grecia, governato da Michele I della famiglia degli Angeli, dopo il crollo di Bisanzio.
Questo fu un periodo di progresso e di prosperità, un periodo durante il quale la gente del posto e la Chiesa godettero di alcuni privilegi.
Durante questo periodo, fu costruita la fortezza di Aggelokastro sulla parte occidentale dell’isola.
Nel 1236, il Dominio dell’Epiro, passo’ al successore Michele II.
Nel 1266, l’isola di Corfù passò sotto il dominio degli Angioini e iniziò un periodo di deterioramento e autoritarismo grave.
I cristiani ortodossi erano perseguitati, l’arcivescovo fu abolito e molte chiese ortodosse vennero convertite in chiese cattoliche.
Nel 1294, Filippo, figlio di Carlo II, si autodichiara “Signore ” di Corfù e suo amministratore unico.
La dinastia degli Angioini governò Corfù fino al 1386, quando iniziò il dominio veneziano.